O Manual da Secretaria apresenta todas as informações necessárias e suficientes para que a Secretaria gerencie o Programa Alfa e Beto. A pedagogia do Programa Alfa e Beto encontra-se "embutida" nos materiais e métodos. O papel da Secretaria neste programa é supervisionar a implementação e, com base nos resultados, orientar os diretores das escolas para corrigir eventuais problemas. Para tanto o Manual da Secretaria inclui planilhas de acompanhamento e controle do andamento e dos resultados do programa, cujas instruções para preenchimento e análise encontram-se no referido manual.